解決系統安全問題是GPRS無線POS機系統應用的關鍵。采用GPRS無線移動數據傳輸方式必須有效阻止黑客入侵、防止信息安全事故、簡化網絡應用。安全保障主要是防止來自系統內外的有意無意的破壞。進行身份認證、身份鑒別、數字簽名防止抵賴和篡改，以及交易數據的加密解密等是保障網絡安全的重要手段。
1.防火墻
防火墻是網絡安全控制最基本的配置，也是構成一個安全網絡的重要屏障。防火墻能極大地提高內部網絡的安全性，用于保護可信網絡免受非可信網絡的威脅，同時允許雙方通信，并通過過濾不安全的服務而降低風險。采用路由器相互認證、地址翻譯等技術手段，可有效防止假路由器接入和非法截取數據。
2.網絡安全
現行的GPRS傳輸編碼方式為CS-1、CS-2，它們對傳輸數據都有加密保護，因此GPRS通道本身是安全的。GPRS無線pos機系統可利用VPN 或者SDH技術在移動數據公網上建立POS系統企業內部虛擬專用網 使各地分散的無線POS機能安全地訪問銀行POS主機和銀行內部網絡資源，保證POS系統無線接入網絡的可靠性和安全性。
3.身份認證
移動服務器在移動POS機接入時，首先會檢查并確認無線POS用戶的身份，只有通過確認的POS機才分配以IP地址；交易數據送到銀行POS主機后，再通過對該POS機的商戶號和POS機編號等相關信息與數據庫進行比對，進一步確保移動POS接入的合法性。
4.終端安全
每個無線無線POS終端中都裝有GPRS SIM卡，利用SIM卡的惟一性，劃定用戶可接入某系統的范圍，可以有效避免非法入侵。無線POS主密鑰用專門的安全CPU進行加密保存，以確保主密鑰的安全。
5.數據安全
無線POS機交易數據包與無線POS的交易數據包格式和加密方式一樣都使用ISO8583模式傳送交易數據，同樣在應用層進行了數據加密保護和MAC鑒別以及完整性控制，對敏感數據如用戶賬號、密碼等都采用了國際標準加密算法3DES進行加密保護，以確保無線POS系統交易數據的安全。
